В северных морях зоопланктон в зимний период в основном уходит ниже слоя зимней конвенции. В Японском же море, наоборот, он концентрируется в верхних горизонтах. И хотя в сравнении с летним сезоном его биомасса уменьшается, все же остается более высокой, чем в Беринговом и Охотском морях.
У ряда бореальных видов рыб в южно-бореальных районах, в том числе в Японском море, время размножения и миграций на меньшие глубины приходится на осенние и зимние месяцы. В частности, в это время происходит мощный нерест самой массовой рыбы Японского моря — минтая, и в ряде мелководных районов наблюдаются большие скопления его икры в поверхностных слоях.
Видимо, поэтому значительное количество птиц, гнездящихся в более северных районах и покидающих их на зимний период, избирают Японское море для зимовок. Это большая и крошечная — Aethia pusilla (Pall.) конюги, пыжики, кайры, нырковые утки, тихоокеанская, сизая, серебристая и полярная чайки, берингов баклан — Phalacrocoгах pelagicus Pall., обыкновенная моевка и другие.